2017年8月16日我所吴伟祥教授课题组王成博士在微生物学领域权威期刊Microbiome（IF8.496）发表题为“Microbial phylogeny determines transcriptional response of resistome to dynamic composting processes”的研究论文。
该研究通过对堆肥不同阶段样品进行宏转录组测序与分析，深入考察了畜禽粪便中耐药基因组(resistome)的组成及其在转录水平对好氧堆肥工艺的响应特性。结果显示，本项目采集的大型生猪养殖场的畜禽粪便resistome主要由四环素抗性基因、万古霉素抗性基因、喹诺酮类抗生素抗性基因和内酰胺类抗生素抗性基因构成。更为重要的是，不同种类的抗生素抗性基因（antibiotic resistance genes，ARGs）在转录水平有着不同的形为特性，土著微生物类群的组成是影响ARGs在堆肥过程中不同响应特性的主要决定因素。此外，高水平表达的可移动遗传元件（mobile genetic elements, MGEs）进一步验证了其在传播ARGs方面的重要性。该研究结果表明，堆肥工艺不仅可以有效减少畜禽粪便resistome的总表达量，还能显著降低新兴污染物（四环素抗生素、四环素抗性基因、病原体, RNA病毒和噬菌体）在环境中的传播风险。研究结果对畜禽粪便中抗生素及其抗性基因的污染防控具有重要现实意义。